加盟合同约定的是仲裁程序而不是法院诉讼程序，会影响案件的公平性吗？

我认为对于公平性没有影响，仲裁委是政府依据仲裁法的规定设立的，同样也算作是一个人公职机关，仲裁委的仲裁员同样也是有很多年法律工作经验的人士来担任，仲裁委为了自身的声誉和发展，追求公平的裁决和法院作出判决没有本质上的差别。仅仅是在解决争议的程序上有部分差别，仲裁程序一裁终局，双方都没有上诉的机会，因此对于加盟商来说，面对加盟合同约定的是仲裁程序的，要更加慎重。另外仲裁案件的受理费比法院的诉讼费稍微会贵3-5倍，以起诉十万为例，法院诉讼费大概是1000多，仲裁费一般会达到3/4000。

那品牌公司在加盟合同中设置仲裁条款的目的是什么呢？

他们设置仲裁条款的目的主要是出于保密性，因为仲裁程序是不公开审理，裁决过程和裁判文书都是不公开的，很多的品牌公司都不希望知道自己和加盟商存在纠纷，如果品牌公司在仲裁委做出裁决之后，按照裁决结果向加盟商付了钱，是没有人能查到这个纠纷的过程的，所以才有相当多的品牌公司喜欢在加盟合同中约定仲裁条款。